Com a criação do Centro de Educação Superior da Região Sul (CERES) no município de Laguna, por meio do Decreto Estadual nº 5.018 de 28 de dezembro de 2006, um grupo de professores do Centro de Ciências Agroveterinárias (CAV) da UDESC em Lages começou a discutir uma proposta de curso para fazer parte do novo centro da UDESC. Avaliando as potencialidades regionais de Laguna e após uma pesquisa de mercado, levando-se em consideração que o Estado de Santa Catarina é o maior produtor nacional de pescado, que o município de Laguna é o terceiro maior no desembarque da pesca industrial catarinense, por Laguna possuir sua economia centrada nas atividades pesqueiras, por não existir nenhum curso de graduação em Engenharia de Pesca no litoral da região sul brasileira e por existir poucos profissionais atuando neste mercado dando suporte ao setor pesqueiro, chegou-se à conclusão que uma das opções de curso de graduação para o CERES seria o de Engenharia de Pesca.
No início de 2007 iniciaram-se os trabalhos para preparar o Projeto Pedagógico para o Curso de Graduação em Engenharia de Pesca da UDESC. Avaliando o potencial do setor pesqueiro da região, buscou-se desenvolver um projeto que contemplasse a pesca industrial, artesanal e a produção aquícola, formando, desta forma, profissionais capazes de atuar em todos os segmentos que a profissão contempla.
O Projeto Pedagógico do Curso de Engenharia de Pesca começou a tramitar nos conselhos universitários da UDESC em 2007, na forma de processo na qual recebeu a numeração 9308/2007. O processo foi aprovado no Conselho de Ensino e Pesquisa da UDESC (CONSEPE) em reunião ordinária em 07/04/2008. No Conselho Administrativo da UDESC (CONSAD) a sua aprovação ocorreu em 28/08/2008 e, por fim, aprovação no Conselho Universitário (CONSUNI) em 17/03/2009. A resolução do CONSUNI que aprovou o curso de graduação em Engenharia de Pesca foi a de no 005/2009.
As atividades do curso tiveram início no segundo semestre de 2010 com o ingresso da primeira turma de graduação. A aula inaugural foi proferida pelo Sr. Altemir Gregolin, Exmo. Ministro de Estado da Pesca e Aquicultura, no dia 29 de julho de 2010. Recentemente, em novembro de 2016, o Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CONSEPE) aprovou a primeira reforma curricular do curso de graduação em Engenharia de Pesca da UDESC (Resolução nº 044/2016 – CONSEPE).
No primeiro semestre de 2015 ocorreu a outorga de grau da primeira turma do curso de graduação em Eng. de Pesca. Na ocasião formaram-se 05 acadêmicos, os primeiros Engenheiros de Pesca de Santa Catarina. Atualmente, 34 Engenheiros de Pesca já se graduaram na UDESC/Laguna (turmas 2015-1, 2015-2, 2016-1, 2016-2 e 2017-1), média de 6,8 alunos por semestre. Cerca de 64,7% destes profissionais estão atualmente empregados na área ou cursando mestrado.
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