Buscando atender às necessidades mais prementes de geração de avançadas tecnologias agrícolas para o Estado de Santa Catarina e Região Sul do Brasil, em 2003, foi criado o curso stricto sensu de Mestrado em Produção Vegetal do Centro de Ciências Agraveterinárias da Universidade do Estado de Santa Catarina (CAV/UDESC). Internamente, o curso de Mestrado em Produção Vegetal estava inserido, conjuntamente com o curso de Mestrado stricto sensu em Ciência do Solo, no Programa de Pós-graduação em Ciências Agrárias, que funcionava com Colegiado e Regimento Interno únicos.
Considerando a vocação para atividades de pesquisa do corpo docente vinculado ao Curso Agronomia do CAV/ UDESC e do Programa de Pós-graduação em Ciências Agrárias, bem como a forte inserção desta Instituição em região com crescente expansão das atividades agrárias, os cursos de Doutorado em Ciência do Solo (2007) e Doutorado em Produção Vegetal (2010) foram criados, ainda dentro da estrutura interna do Programa de Pós-graduação em Ciências Agrárias.
Embora reunidos no mesmo Programa, os Cursos de Pós-graduação em Ciências Agrárias da UDESC buscam individualmente a excelência, com corpo docente e discente próprio. Com a evolução dos Cursos de Mestrado e Doutorado tanto em Produção Vegetal quanto em Ciência do Solo, em 2014, o corpo docente e o Colegiado do Programa de pós-graduação em Ciências Agrárias aprovaram a separação dos cursos em dois Programas de Pós-graduação distintos: Produção Vegetal e Ciência do Solo.
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