Os centros de ensino da Udesc são estruturados com base em departamentos, ou seja, setores que congregam um ou mais cursos, onde são lotados os professores da universidade. É aqui, na prática, que originam-se ações de ensino, pesquisa e extensão em toda a instituição.
Os departamentos da Udesc são conduzidos pelo colegiado pleno de cada órgão. A chefia e Sub Chefia são eleitas por esse colegiado, entre os docentes que fazem parte de cada departamento, eleitos por votação direta e secreta. Terão mandatos com duração de dois anos e devem exercer o cargo em regime de dedicação integral.
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