As instalações do CEFID contam com salas de aula, auditório, 20 laboratórios, biblioteca, academia de musculação e dependências administrativas. Além disso, o complexo esportivo do CEFID inclui três ginásios cobertos, piscina semiolímpica, sala de artes marciais, campo de futebol e pista de atletismo.
O centro abriga ainda a Clínica Escola de Fisioterapia, que oferece tratamentos pelo Sistema Único de Saúde a pacientes encaminhados pela rede pública municipal de Florianópolis, e uma piscina terapêutica.
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