As aulas na graduação em Fisioterapia da Udesc Cefid começaram em 1994, depois da criação do curso pela Portaria 236 do Conselho Universitário (Consuni), de 27 de abril de 1993. O reconhecimento pelo Conselho Estadual de Saúde de Santa Catarina veio em 31 de agosto de 1994 e pelo Conselho Nacional de Saúde em setembro de 1994.
O curso passou por uma reforma curricular a partir do primeiro semestre de 2010. O novo currículos está sendo implantado gradativamente, devendo alcançar todas as fases no segundo semestre de 2014. Com o novo currículo, a extensão do curso foi extendida de quatro para cinco anos.
Em 2012, o currículo passou por uma nova alteração, de pequena monta, com a extinção de algumas disciplinas e readequação de ementas, mas sem alterar a carga horária total do curso.
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