A pós-graduação possui cursos de Mestrado, Doutorado (Stricto Sensu) e de Especialização (Lato Sensu).
Os cursos de Pós-Graduação da Udesc são oferecidos em nível de Mestrado e Doutorado e têm como objetivo a formação de recursos humanos altamente qualificados, com vistas ao ensino, pesquisa e ao desenvolvimento científico e tecnológico. A universidade oferece atualmente 50 cursos de Mestrado e Doutorado
O Mestrado é o primeiro nível de um curso de pós-graduação stricto sensu, que tem como objetivo, além de possibilitar uma formação mais profunda, a formar pesquisadores em áreas específicas do conhecimento. A dissertação é um trabalho acadêmico para obtenção do grau acadêmico de mestre. Os projetos de dissertação não precisam abordar temas e/ou métodos inéditos. O aluno de mestrado deve demonstrar a habilidade em realizar estudos científicos e em seguir linhas mestras na área de formação escolhida.
O grau académico de doutor é o mais elevado dos sistemas de ensino superior e visa comprovar a capacidade do seu titular para desenvolver investigação num determinado campo da ciência, em regra após a defesa de uma tese, ato que deve ser antecedido pela frequência de um curso de Doutorado. A tese é um trabalho acadêmico Stricto sensu que importa em contribuição inédita para o conhecimento e visa a obtenção do grau acadêmico de doutor. O doutorando deve defender uma ideia, um método, uma descoberta, uma conclusão obtida a partir de uma profunda pesquisa e trabalhos científicos.
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